水利水电施工总承包二级资质证书有效期届满后，办理延期的流程如下：
提出申请：企业需在资质证书有效期届满前 3 个月，向当地建设行政主管部门或水利部门提出延期申请，并注明需要延期的具体资质等级以及延期的时间期限。
准备材料：通常需要准备企业营业执照副本复印件、资质证书原件及复印件、申请表格、项目业绩证明材料等，这些材料需按照要求进行公证或者加盖企业公章。
提交审核：将准备好的申请材料提交至当地建设行政主管部门或水利部门进行审核。审核部门会对材料进行审查，并可能实地核查企业的相关情况，如人员资质、工程业绩等是否符合要求。
批准领证：经过审核通过后，企业即可领取新的二级施工总承包资质证书，新证书上会标明资质的延期时间。
此外，办理延期时，企业还需满足一定条件，如资质证书在有效期内、企业无重大质量安全事故和违法违规行为、近三年内具有相应的水利水电工程业绩、企业的技术负责人、注册建造师等人员数量和资格符合资质标准要求等。
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